Hlutverk sérfræðiþjónustu grunnskóla er að styðja við nám allra nemenda í grunnskólum. Verkefni sérfræðiþjónustu snúa bæði að nemendum og starfsfólki í skólunum og byggja að mestu á ákvæðum reglugerðar 584/2010 um sérfræðiþjónustu sveitarfélaga og nemendaverndarráð og reglugerðar 585/2010 um nemendur með sérþarfir.

Austurbæjarskóli á í nánu samstarfi við og sækir þjónustu sálfræðinga, félagsráðgjafa og kennsluráðgjafa til Þjónustumiðstöðvar Miðborgar og Hlíða. Faglegt starf ráðgjafanna er fjölþætt og snýr meðal annars að ýmsum greiningum, ráðgjöf og almennri sálfræðiþjónustu. Skilyrði fyrir því að sálfræðingur taki mál til vinnslu er að foreldrar veiti samþykki sitt á sértöku tilvísunareyðublaði sem fyllt er út í samvinnu við umsjónarkennara. Allar tilvísanir fara fyrir nemendaverndarráð. Eyðublaðið er hægt að nálgast hjá umsjónarkennurum og skrifstofu skólans.